私も右側上部に会話ログ、右下にアクションログを配置していますね〜。

ゲーム画面自体は左下に合わせて、ログウィンドウとかに被らない程度の大きさにして、メールは左上部に一件フルで見られる程度の大きさで、ちょっと画面に被ってるケド、常には表示していないので気にならないです。

タイマーは→の会話ログから左に10cm程度に伸ばしています。ログの枠に合わせることで、最大値がすぐに解るようにしています。

基本的にXPなのとCPUがヘボなので、ゲームウィンドウとログなどのウィンドウが重なると常にちらついてしまうので、旧verのような使い方になってしまうのでしょうか…。